آنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی

Authors

  • مسعود اسدی فوزی دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان
  • کریم کریمی دانشجوی دکترای ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان|عضو انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان
Abstract:

این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تک­نوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونه­برداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونه­ها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم 777962 جایگاه انجام شد. پس از حذف جایگاه­های دارای عدم تعادل پیوستگی (جفت جایگاه­های دارای r2 بالاتر از 2/0)، 64333 جایگاه SNP جهت آنالیزهای بعدی باقی ماندند. برنامه STRUCTURE جهت بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی کشور در این مجموعه داده­ به کار گرفته شد. تعداد جمعیت­های فرض شده در هر اجرا از دو تا هشت جمعیت در نظر گرفته شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که در اولین سطح خوشه­بندی (2K=)، جمعیت­های سرابی (6/97%) و کردی (3/94%) در خوشه مشترکی قرار گرفته­اند و نژاد سیستانی (92%) نیز خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالی­که سایر نژادها آمیخته­ای از این دو خوشه بودند. تعداد سه خوشه (3K=) به بهترین شکل تعداد گروه­های ژنتیکی موجود در مجموعه داده­ها را توجیه کرد. وجود سه خوشه (3K=) در داده­ها موجب قرار گرفتن نژاد کردی در یک خوشه مستقل شد. در این مطالعه تفاوت­های ژنتیکی گاوهای بومی ایران به خوبی به وسیله داده­های متراکم SNP شناسایی شدند. همچنین شباهت­­های مربوط به توزیع جغرافیایی و خصوصیات تولیدی گاوها نیز با روابط ژنتیکی یافت شده در این مطالعه انطباق داشتند.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

بررسی سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم گاوهای بومی استان فارس با استفاده از داده‌های متراکم نشانگرهای چند شکل تک نوکلئوتیدی

زمینه مطالعاتی: شناسایی سطوح عدم تعادل پیوستگی در میان جمعیت­ها ابزاری مفید در مطالعه تاریخچه جمعیت­ها و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی است. هدف: در این تحقیق، به منظور فراهم آوردن اطلاعات پایه مورد نیاز در طراحی مطالعات ارتباطی کل ژنوم و بررسی تغییرات اندازه موثر جمعیت در گاوهای بومی فارس، سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم افراد این جمعیت مورد مطالعه قرار گرفت. روش کار: بدین منظور ...

full text

برآورد اندازۀ مؤثر جمعیت در گاو سرابی بر اساس نشانگرهای چندشکل تک نوکلئوتیدی

این مطالعه با هدف برآورد اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت گیری در جمعیت گاو سرابی با روش هتروزیگوسیتی اضافی و بر پایۀ استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی انجام گرفت. بدین منظور از 20 رأس گاو سرابی نمونه برداری شد. تعیین ژنوتیپ نمونه ها با چیپ illumina high-density bovine beadchip شامل 777962 جایگاه snp صورت گرفت. متوسط هتروزیگوسیتی مورد انتظار، متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده، متوس...

full text

ارزیابی تنوع ژنتیکی جمعیت های بومی یونجه ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره ests

به منظور تعیین تنوع ژنتیکی بین برخی توده های بومی یونجه زراعی، شش جمعیت ایرانی بمی، رهنانی، نیک شهری، همدانی (از منطقه اصفهان)، همدانی (ازمنطقه شیراز)، یزدی و یک جمعیت رنجر آمریکایی با 24 جایگاه ریز ماهواره طراحی شده از مناطق (expressed sequence tags (ests گیاه medicago truncatula و سه جایگاه ریز ماهواره ای شناسایی شده از کتابخانه ژنومی m. sativa ارزیابی شدند. بر اساس نتایج تکثیر باندهای مورد ن...

full text

بررسی ساختار جمعیت و تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های جو با استفاده از نشانگرهای مولکولی AFLP

کاهش تنوع ژنتیکی موجب آسیب‌پذیری شدید محصولات زراعی در برابر تنش‌های محیطی، آفات و بیماری‌ها و در نتیجه کاهش عملکرد می‌شود. در این آزمایش تنوع ژنتیکی 77 ژنوتیپ جو با استفاده از هفت جفت آغازگر AFLP بررسی شد. در مجموع 245 نوار ایجاد شد که از بین آنها 227 نوار چندشکل بودند و میانگین تعداد نوارهای چندشکل، 32.42 نوار در هر نشانگر بود. میانگین درصد چندشکلی و محتوای اطلاعات چندشکل نیز به ترتیب 92.37 د...

full text

ارزیابی تنوع ژنتیکی جمعیت‌های بومی یونجه ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره ESTs

To determine genetic diversity among some Iranian local varieties of alfalfa, six geographically diverse populations including: Bami, Rahnani, Nikshahri, Yazdi, Hamadani (from Isfahan), Hamadani (from Shiraz) along with Ranger, an American commercial variety, were evaluated using a set of 24 EST-SSR primers developed from cDNA library of Medicago truncatula and three microsatellite loci, identi...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 4  issue 3

pages  93- 104

publication date 2015-11-22

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023